La storia di SQL (che si pronuncia facendo lo spelling inglese delle lettere che lo compongono, e quindi "ess-chiu-el" e non "siquel" come si sente spesso) inizia nel 1974 con la definizione da parte di Donald Chamberlin e di altre persone che lavoravano presso i laboratori di ricerca dell'IBM di un linguaggio per la specificazione delle caratteristiche dei database che adottavano il modello relazionale. Questo linguaggio si chiamava SEQUEL (Structured English Query Language) e venne implementato in un prototipo chiamato SEQUEL-XRM fra il 1974 e il 1975. Le sperimentazioni con tale prototipo portarono fra il 1976 ed il 1977 ad una revisione del linguaggio (SEQUEL/2), che in seguito cambio' nome per motivi legali, diventando SQL. Il prototipo (System R) basato su questo linguaggio venne adottato ed utilizzato internamente da IBM e da alcuni sui clienti scelti. Grazie al successo di questo sistema, che non era ancora commercializzato, anche altre compagnie iniziarono a sviluppare i loro prodotti relazionali basati su SQL. A partire dal 1981 IBM comincio' a rilasciare i suoi prodotti relazionali e nel 1983 comincio' a vendere DB2. Nel corso degli anni ottanta numerose compagnie (ad esempio Oracle e Sybase, solo per citarne alcuni) commercializzarono prodotti basati su SQL, che divenne lo standard industriale di fatto per quanto riguarda i database relazionali.
Nel 1986 l'ANSI adotto' SQL (sostanzialmente adotto' il dialetto SQL di IBM) come standard per i linguaggi relazionali e nel 1987 esso divento' anche standard ISO. Questa versione dello standard va sotto il nome di SQL/86. Negli anni successivi esso ha subito varie revisioni che hanno portato prima alla versione SQL/89 e successivamente alla attuale SQL/92.
Il fatto di avere uno standard definito per un linguaggio per database relazionali, apre potenzialmente la strada alla intercomunicabilita' fra tutti i prodotti che si basano su di esso. Dal punto di vista pratico purtroppo le cose andarono differentemente. Infatti in generale ogni produttore adotta ed implementa nel proprio database solo il cuore del linguaggio SQL (il cosiddetto Entry level o al massimo l'Intermediate level), estendendolo in maniera proprietaria a seconda della propria visione del mondo dei database.
Attualmente e' in corso un processo di revisione del linguaggio da parte dei comitati ANSI e ISO, che dovrebbe portare alla definizione di cio' che al momento e' noto come SQL3. Le caratteristiche principali di questa nuova incarnazione di SQL dovrebbero essere la sua trasformazione in un linguaggio stand-alone (mentre ora viene usato come linguaggio ospitato in altri linguaggi) e l'introduzione di nuovi tipi di dato piu' complessi per permettere, ad esempio, il trattamento di dati multimediali.