Le sessioni di lavoro rappresentano un elemento che conferisce a Notepad++ ulteriore versatilità e favoriscono la produttività. Esse sono in grado di mantenere le informazioni relative ai file aperti, al file attivo con selezione corrente e posizione del cursore (tenendo conto anche di un'eventuale vista multipla), ai segnalibri ed al linguaggio in uso. In questo modo è così possibile interagire con gruppi di documenti in pratica con una sola operazione.
Per salvare la sessione corrente si utilizza la sequenza File / Salva sessione e contestualmente viene aperta una finestra di dialogo nella quale è inseribile il nome di identificazione ed è selezionabile il percorso di memorizzazione, analogamente al salvataggio di singoli file. Per aprire una sessione esistente si può viceversa utilizzare la sequenza File / Apri sessione.
Per riaprire l'ultima sessione ad ogni esecuzione del programma, si può verificare che nella sezione Varie del pannello delle Preferenze, presente nel menu Configurazione, sia attivata la casella di controllo Ricorda la sessione corrente al prossimo avvio. Nel campo a fianco di quest'ultima è anche possibile inserire un'estensione di sessione predefinita (ad esempio ".session"), potendo successivamente aprirla anche come un file standard.
Nel caso un file abbia un'estensione che coincide con quella della sessione fissata, Notepad++ cercherà comunque di aprirlo. Vi è inoltre la possibilità di filtrare i file nella finestra associata al caricamento delle sessioni. Se si prova inoltre a rinominare un file sessione con un'estensione di testo, si possono leggere i riferimenti assoluti dei singoli file correlati.