Lo strumento Sostituzione colore 
che troviamo nel sotto menu dello strumento Pennello (figura 1) ci permette di sostituire selettivamente un determinato colore dell'immagine con un colore a nostra scelta.
Apriamo l'immagine e segliamo un colore di primo piano; questo sarà il colore che andrà a sostituire quello del documento (figura 2):
Poniamo di dover sostituire il verde dei pantaloni nella vignetta qui sotto (figura 3):
Come funziona lo strumento sostituzione colore
Selezioniamo lo strumento Sostituzione colore, scegliamo la punta e la durezza del pennello, clicchiamo sulla barra delle opzioni Campionamento: una volta 
e poi dipingiamo sul colore che vogliamo sostituire (figura 4):
Come possiamo notare il pennello andrà ad agire solamente sul verde. Questo perché abbiamo selezionato Campionamento: una volta; questa opzione sostituisce il colore di destinazione solo nelle aree contenenti il colore selezionato per primo, nel nostro caso il verde. Continuiamo sino a raggiungere il risultato voluto (figura 5):
Vediamo ora le altre possibili opzioni a disposizione sulla barra.
Campionamento contiguo 
campiona i colori in modo continuo durante il trascinamento. Se nell'esempio sopra avessimo scelto questa opzione la pennellata non avrebbe agito solo sul colore verde ma anche sui colori circostanti.
Campione sfondo 
sostituisce il colore solo nelle aree contenenti il colore di sfondo corrente. Se avessimo impostato come colore di sfondo il verde che è nei pantaloni e, ad esempio, l'azzurro come colore di primo piano (figura 6) lo strumento avrebbe dipinto di azzurro solo il colore verde e lasciato intatti gli altri (figura 7):
Figura 7
Vediamo poi il menu a tendina (figura 8):
Non contiguo sostituisce il colore campionato in qualsiasi area sotto il puntatore. Contiguo sostituisce i colori contigui con il colore immediatamente sotto il puntatore. Trova bordi sostituisce le aree collegate contenenti il colore campionato e mantiene il contrasto dei contorni.
Per quando riguarda la spiegazione dei metodi di fusione (figura 9) rimandiamo alla lezione dedicata ad essi.
