Come ogni tecnologia anche i Web service presentano alcuni problemi. Vediamo quali sono:
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Le performance. I Web service presentano performance drasticamente inferiori rispetto ad altri metodi di comunicazione utilizzabili in rete. Questo svantaggio è legato alla natura stessa dei servizi web. Essendo basati su XML ogni trasferimento di dati richiede l'inserimento di un notevole numero di dati supplementari (i tag XML) indispensabili per la descrizione dell'operazione. Inoltre tutti i dati inviati richiedono di essere prima codificati e poi decodificati ai capi della connessione. Queste due caratteristiche dei Web service li rendono poco adatti a flussi di dati intensi o dove la velocità dell'applicazione rappresenti un fattore critico.
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Il protocollo base, HTTP. Quando si sviluppa un Web service è necessario tener conto del protocollo di base. È quindi indispensabile disporre di un'applicazione terza che gestisca le richieste HTTP oppure è necessario includerla direttamente nel codice del nostro programma qualora si desideri la sua totale indipendenza. Va detto comunque che generalmente il codice che implementa un Web service viene fatto eseguire da un Web server (es. Apache) tramite CGI (per es. con Python) o tramite appositi moduli (vedi PHP). Eseguendo il codice del Web service attraverso un server web la gestione di HTTP è immediatamente assicurata.