Via Tommaso Baldovino (ne parla in questo post) vi giro la segnalazione di Free Site Validator, un servizio web che, previa registrazione, consente la validazione HTML e il controllo sui link interrotti su un intero sito invece che sul singolo documento.
Per ottenere lo stesso risultato i più avventurosi potranno seguire un'altra via, quella proposta in questo tutorial di Standards Schmandards. Il metodo prevede l'installazione in locale del validatore del W3C (si scarica da qui) e l'utilizzo di un paio di script in Python per creare la lista degli URL del sito da validare.
Un'altra opzione è quella rappresentata dall'opzione 'Validate entire site' presente sul validatore alternativo del WDG. Purtroppo il servizio si limita a controllare 100 pagine.