Ogni tanto quando uso Linux, pur non facendo nulla di particolare, ad un tratto l'HD inizia a lavorare rumorosamente. e' normale?

Quasi sicuramente e’ cron. Tramite cron (o anacron) vengono infatti eseguiti programmi come updatedb che aumentano enormemente il carico sull’HD. Non dovrebbe durare moltissimo comunque ed e’ bene lasciare che vengano eseguiti.