È possibile scrivere del codice Javascript in PHP, anche passando delle variabili?

Certo; puoi farlo esattamente come con il codice HTML. Devi, ovviamente, fare molta attenzione alla sintassi Javascript, per non provocare errore di parsing. Ecco un esempio:

<? 
$stringa= "http://freephp.html.it";
echo "<script language="JavaScript">n"; 
echo "alert("$stringa");n"; 
echo "</script>"; 
?>