Dalla finestra secondaria posso far riferimento a un elemento o ad una variabile presente nella finestra principale?

Si.
Ad esempio data la seguente sintassi nella finestra principale:

<form name=”mioForm”>
<input type=”hidden” name=”nascosto” value=”contenuto”>
</form>

Nella finestra secondaria potrai leggere il contenuto del campo hidden:

alert(window.opener.document.forms[‘mioForm’].nascosto.value);