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La differenza è la stessa che c’è in Java tra print e println:
document.writeln(‘testo’) scrive il testo e poi aggiunge il carattere di “a capo”.
document.write(‘testo’) scrive all’interno del documento senza andare a capo.
La differenza si vede solo in quei browser che interpretano il codice JavaScript, visualizzandolo al tempo stesso come HTML all’interno del codice sorgente della pagina.
Nella maggior parte dei casi l’utilizzo dell’una o dell’altra sintassi è del tutto indifferente.